1997年 4月
東京大学大学院理学系研究科附属の施設として田無キャンパスに発足。サイクロトロン施設を保有。
1998年 4月
理研との間に「重イオン科学研究に関する協定」を締結。(以降5年毎に更新)
1999年 12月
理研との共同研究のため、東京大学と理研との間に協定を締結。
2000年 3月
東京大学新キャンパス計画により、分室を理研和光キャンパスに移転。
2001年 4月
主要研究装置(CRIB)を理研加速器施設に設置。
2001年 8月
理研和光キャンパス内に、3 階建て総面積1200平米の実験準備棟完成。
2002年 4月
理論研究部を設置。
2002年 8月
第一回CNS国際サマースクール開催（以降ほぼ毎年開催。）
2004年 4月
SHARAQプロジェクト開始。
2005年 2月
CNS国際外部評価。
2006年 4月
東大理研核物理国際プログラム(TORIJIN)発足（2006. 6 覚書締結）。
2006年
LHCにおけるALICE共同実験への参加を開始。
2007年 2月
第1回 NP-PAC 開催。(以降原則年2回開催。)
2008年 10月
理研との「重イオン科学研究に関する協定」10周年記念式典。
2009年 3月
SHARAQスペクトロメータの完成。
2011年 3月
東日本大震災による福島第一原発事故からの環境放射線の大規模測定で中心的な役割を果たす。
2011年 6月
CRIB 国際評価。
2013年 3月
CNS国際外部評価。
2014年 7月
OEDO準備室を開室。
2015年 3月
理研と共同でCRIBにてRIビームの産業利用を開始。
2016年11月
理研との共同研究で合成した113番元素「ニホニウム」がIUPACで承認。
2017年3月